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染色質(zhì)免疫共沉淀（CHIP）
來源：萬物生物 發(fā)布時間：2021-11-02
染色質(zhì)免疫共沉淀
染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是研究體內(nèi)蛋白質(zhì)與DNA相互作用的有力工具，通常用于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。將ChIP與新一代測序技術(shù)相結(jié)合的ChIP-Seq技術(shù)，能夠高效地在全基因組范圍內(nèi)檢測與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段。
一、ChIP實驗操作流程
1.樣品準(zhǔn)備與交聯(lián)
細(xì)胞收集后，用1%的formaldehyde處理細(xì)胞，交聯(lián)核酸與DNA結(jié)合蛋白；
2.超聲打斷染色質(zhì)
裂解細(xì)胞，用超聲波將染色質(zhì)超聲破碎成200－1000bp片斷；將片段分為兩份，一份用于免疫共沉淀，一份用于對照。
圖1染色質(zhì)免疫共沉淀實驗流程 圖2 超聲破碎后DNA電泳圖（lane2）
3.免疫共沉淀(IP)
取B步驟所得一份片斷與ChIP特異抗體結(jié)合進行免疫共沉淀，利用免疫磁珠法富集抗體復(fù)合物。
4.解交聯(lián)及純化DNA
將富集的DNA/蛋白復(fù)合物解交聯(lián)釋放DNA片段，并進行純化（IP DNA）；B步驟所得用于對照（Input DNA）的片斷作不進行IP實驗，但也要解交聯(lián)并純化。
5.DNA段PCR擴增
針對ChIP DNA, Input DNA及對照DNA的目的片段設(shè)計特異性引物并進行熒光定量PCR擴增。
6.結(jié)果分析
%Input=2(CtInput-CtChIP)×Fd×100%
Fold Enrichment = [%(ChIP/Input)] / [%( Negative control/Input)]
應(yīng)用領(lǐng)域：
? 判斷DNA鏈的某一特定位置組蛋白修飾的類型
? 精確定位RNA polymerase II及其它反式因子在基因組上結(jié)合位點
? 組蛋白共價修飾與基因表達的關(guān)系的研究
? 轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點和功能研究
產(chǎn)品優(yōu)勢：
? 檢測覆蓋范圍廣：全基因組范圍內(nèi)掃描目標(biāo)區(qū)域；
? 檢測分辨率高：更利于精確定位目標(biāo)區(qū)域；
? 樣本需要量低：需要的免疫沉淀后的DNA量可低至5-10ng；
? 可靠性好：避免了非特異性雜交，背景低；
? 性價比高：花費較少即可檢測全基因組，獲取準(zhǔn)確豐富的信息。
1.基本信息分析
按照標(biāo)準(zhǔn)過濾原則對將raw data過濾成clean data；
raw data及clean data的數(shù)據(jù)量及Q20、Q30統(tǒng)計；
raw data及clean data測序質(zhì)量分布圖，GC/AT含量分布圖，duplicate rate統(tǒng)計。
2.標(biāo)準(zhǔn)信息分析
比對到參考基因組并統(tǒng)計比對結(jié)果（需提供參考基因組信息）；
Peak calling得出Peak region report(CSC bedformat file)；
去除multiple identical序列；
確定轉(zhuǎn)錄結(jié)合位點和組蛋白標(biāo)記；
Peak相關(guān)基因的GO注釋分析；
多個樣本間peak及相關(guān)基因的差異分析。
3.高級信息分析
根據(jù)客戶的具體研究目的所開展的深入分析。
樣品要求：
1. 樣品類型：ChIP-DNA；
2. 樣品濃度：≥10 ng/μl；
3. 樣品總量：≥100 ng；單次實驗用量為30ng時實驗的可重復(fù)性較好，因此請盡可能提供較多的樣品；若單次ChIP后DNA量不夠，建議將2~3次ChIP的DNA合并在一起；
4. 樣品純度：OD260/280為1.8~2.2；
5.DNA片段大?。悍植荚?00~500bp范圍，且主要片段在～250bp（清晰的電泳圖或2100檢測結(jié)果）。
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標(biāo)書基金實驗咨詢 表觀遺傳組學(xué)分析
課題實驗結(jié)題指導(dǎo) 細(xì)胞分子功能驗證
實驗培訓(xùn)文章潤色 動物模型裸鼠成瘤
臨床檢測科研轉(zhuǎn)化 病理染色分子互作